NO245【補助金・助成金の活用と会計処理の注意点】

補助金・助成金とは？企業が活用すべき理由

「補助金」や「助成金」は、企業が新たな取り組みを行う際に活用できる、返済不要の資金支援です。国、地方自治体、各種団体が提供するこれらの制度は、企業の成長戦略を後押しする強力なツールです。

補助金と助成金の違いとは？

両者は似た言葉ですが、制度の性質に明確な違いがあります。

なぜ中小企業は補助金・助成金を活用すべきなのか？

以下のような場面で、有効な選択肢となります。

• 資金負担の軽減
  　通常、設備投資やシステム導入などには多額の資金が必要ですが、補助金により自己資金を抑えることができます。

• 新規事業・事業再構築の後押し
  　近年は事業環境が急変しており、経営の方向転換が求められることも。事業再構築補助金などはこうした取り組みを支援します。

• 資金調達力の強化
  　補助金を採択された実績は、銀行融資や他の公的支援を受ける際にもプラス材料になります。

• 返済不要であることの安心感
  　借入とは異なり、補助金・助成金は原則返済不要であるため、財務リスクを抑えながら積極的な事業展開が可能です。

ただし、「採択されなければ受け取れない」「使途や報告義務に厳しい制限がある」など、制度ごとの特性を理解し、慎重な対応が求められます。

【2025年最新】中小企業が活用すべき補助金・助成金と申請方法

補助金や助成金は、政策の方向性や経済環境に応じて毎年内容が変わります。2025年に中小企業が注目すべき制度と、申請プロセスについて詳しく解説します。

注目の補助金制度（2025年版）

1. ものづくり補助金（経済産業省）

• 対象：中小製造業、IT関連業、小売・サービス業など
• 目的：革新的な製品・サービス開発、設備投資
• 補助額：最大1,250万円（補助率1/2～2/3）
• ポイント：IT・カーボンニュートラル・DXなど時代性のあるテーマが採択されやすい

2. 事業再構築補助金

• 対象：事業転換、新分野展開、業種転換を図る中小企業
• 目的：ポストコロナ・ウィズコロナ時代の新事業への投資
• 補助額：最大6,000万円（成長枠などはさらに高額）
• ポイント：中期的な成長計画が重視される

3. IT導入補助金

• 対象：中小企業・小規模事業者
• 目的：業務効率化、DX推進
• 補助額：最大450万円（補助率1/2～3/4）
• 対象経費：会計ソフト、受発注システム、ECサイトなど

4. キャリアアップ助成金（厚生労働省）

• 対象：非正規従業員を正規雇用に転換する企業
• 補助額：1人あたり数十万円（転換内容により異なる）
• ポイント：雇用契約・研修制度・社内規定の整備が必要

申請の具体的な流れと成功のコツ

① 制度選定と情報収集

• 経済産業省・中小企業庁・厚労省などの公式サイトや、各自治体の産業振興課の情報をこまめに確認。
• 「J-Net21」や「ミラサポPlus」など、補助金情報がまとまっているポータルサイトも活用しましょう。

② 事業計画の立案とブラッシュアップ

• 補助金採択の成否は、事業計画の質で決まります。
• SWOT分析や収支予測、競合分析などを入れ込み、「実現可能性」「波及効果」を明確に説明します。
• **専門家（認定支援機関）**との連携が有効です。

③ 電子申請（jGrantsなど）と書類提出

• 補助金申請の多くは、**電子申請（jGrants）**によって行われます。
• 事前にGビズIDプライムの取得が必要です。
• 申請書、見積書、事業計画書、会社概要、過去の財務諸表などを整備。

④ 採択後の流れ：交付申請・事業実施・実績報告

• 採択されたら、補助金が即入金されるわけではありません。
• 交付申請 → 事業実施 → 実績報告 → 精算払いという流れを経る必要があります。
• 実施内容に変更があった場合は、必ず事前に承認を得ること。

⑤ 監査対応と帳簿管理

• 補助金の経費については、領収書・請求書・振込明細などの証憑が厳しくチェックされます。
• 5年程度の保管義務があり、税務調査や補助金監査に備える必要があります。

補助金・助成金の会計処理｜仕訳・収益計上のタイミングと注意点

補助金・助成金を受給した際の会計処理は、仕訳・収益の計上タイミング・税務上の取扱いといった複数の側面から正確に対応する必要があります。誤った処理をすると、税務調査での指摘や補助金の返還リスクが生じる可能性もあるため、慎重な対応が求められます。

1. 補助金の仕訳処理｜どの勘定科目を使うか？

補助金は、企業の目的や性質に応じて次のような勘定科目で処理されます。

仕訳の例（設備投資補助金を受けた場合）

圧縮記帳を行う場合：

借方：現金　　　　500,000 

　　　圧縮損　　　500,000 

貸方：補助金収入　1,000,000 

または、設備取得後に雑収入で処理する場合：

借方：現金　　　　1,000,000 

貸方：雑収入　　　1,000,000 

※この際、税務上と会計上で処理が異なることがあるため、税効果会計の検討も重要です。

2. 補助金の収益認識のタイミングは？

補助金の収益計上時期は、「交付決定時」ではなく、補助対象となる事業の成果が確定した時点であることが原則です。会計基準においては、企業会計原則の実現主義に従って処理を行います。

基本ルール（中小企業会計指針に準拠）

• 実績報告を終え、補助金額が確定し、企業がその対価を得る権利を確保した段階で収益認識します。
• 補助金が複数年度にまたがる場合には、期間按分が必要なケースもあります。

3. 税務上の注意点｜課税対象となるか？

補助金は基本的に課税所得に含まれるため、法人税・所得税の課税対象になります。ただし、一部の補助金・助成金には非課税扱いのものも存在するため、制度ごとに確認が必要です。

主な税務上のポイント

• 課税所得として扱う必要がある（→ 申告漏れに注意）
• 消費税の課税対象外（→ 仕入税額控除には影響なし）
• 税務署への報告義務は特になし（ただし補助金の内容を明確に記録）

税務上よくある誤り

• 補助金を「雑収入」とせず、誤って「売上高」として計上してしまう
• 設備補助金を受けたにもかかわらず、圧縮記帳を行わずに資産だけ増加させる
• 雇用助成金を「給与」として処理してしまう

4. 補助金の返還が発生した場合の処理

補助金を不適切に使用した場合、一部または全額の返還を求められることがあります。この場合は、返還額を損失として処理し、関連科目を使って仕訳を行います。

返還時の仕訳例（雑収入で処理した補助金を返還）

借方：補助金返還損　1,000,000 

貸方：現金　　　　　1,000,000 

※税務上も損金算入が認められるかどうかは、返還理由によって異なるため、税理士との確認が重要です。

補助金の返還リスクと対策｜適切な管理・専門家のサポート活用法

補助金・助成金は返済不要という魅力がある一方で、制度の要件に違反した場合には返還を求められるリスクも存在します。特に近年は、行政側の監査・調査が厳格化しており、申請時・執行時・報告時のいずれかに問題があれば、数百万円単位の返還が発生するケースも少なくありません。

1. 補助金返還が発生する主なパターン

2. 管理体制の整備でリスクを予防する

補助金を安全に活用するためには、経理・総務・現場が連携した管理体制が不可欠です。以下のような実務体制を整えることが、返還リスクの低減につながります。

補助金実施の5つの実務ポイント

1. 証憑の収集と一元管理
   　見積書・契約書・納品書・請求書・振込明細・写真などを、クラウド等で一元的に管理する体制を構築。
2. 補助対象外経費の除外管理
   　社内で「補助対象経費チェックリスト」を用意し、会計処理段階での確認を徹底。
3. 進捗記録とスケジュール管理
   　事業の進行状況を日付ベースで記録し、交付決定日・事業終了日・報告提出期限を可視化。
4. 報告書類のレビュー体制
   　実績報告前に経理と経営層によるダブルチェックを実施し、書類の整合性・内容の適正性を検証。
5. 内部監査的な観点でのチェック
   　補助金実施の責任者を明確にし、帳票や証拠書類に不備がないか定期的に確認する。

3. 専門家のサポート活用で精度と安全性を高める

補助金申請や会計処理、報告書作成には高度な専門知識が必要であり、社内だけで完結させようとするとリスクが高まります。そこで、以下のような外部の専門家をうまく活用することが、成功への近道となります。

認定支援機関（中小企業庁登録）

• 補助金申請時に必要な事業計画書作成支援
• 採択率向上のための加点項目の検討
• 書類提出・電子申請のサポート

税理士・会計士

• 補助金の適正な会計処理と収益計上の判断
• 税務調査対応のための帳簿管理体制のアドバイス
• 圧縮記帳や課税関係の処理サポート

補助金専門コンサルタント

• 制度選定から採択後の管理まで一括支援
• 制度の傾向や採択実績に基づいた戦略立案
• 成果報酬型で費用負担を抑えられる場合もあり

4. 補助金活用を成功させる経営視点

補助金はあくまでも「一時的な資金支援」であり、本質的には経営戦略の一部として活用すべきものです。「もらえるから申請する」ではなく、「企業成長のために必要な施策をどう補助金で後押しするか」という視点が重要です。

• 補助金を使って設備を更新 → 生産性向上
• 補助金を活用して人材育成 → 離職率の低下と組織強化
• IT導入補助金で業務効率化 → 管理コスト削減と利益率改善

補助金の活用が一過性の「施策」に終わらないよう、中期的な経営ビジョンとの整合性を意識することが、最終的には事業の持続的成長につながります。

まとめ

補助金・助成金は、資金調達の一手段としてだけでなく、企業の成長戦略や経営改善を加速させる重要な支援策です。

ただし、会計処理や管理体制を誤ると、せっかくの制度が経営リスクへと転じることもあります。

• 正しい情報収集
• 適切な制度選定
• 専門家との連携

これらを意識しながら補助金制度を活用することで、中小企業でも着実な発展を実現することができます。

▶ 補助金・助成金の活用をご検討中の企業様へ

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